中华人民共和国成立前，航标主要由旧海关管理。建国后，航标管理体制曾有过几次重大调整。1950年，海关将所管航标及设施移交交通部管理。1953年，交通部将所管沿海航标移交海军管理（天津港航标未移交海军）。1958年海军将沿海商港、商用为主的军商合用港以及近海短程航线的航标移交交通部管理。自1980年始，海军又陆续将所管的除少数位于海防前沿和军事设施地区外的海上干线公用航标移交交通部管理。1982年，根据交通部颁布的《关于海区航标管理工作的若干规定》，全国沿海航标划为北方、东海、南海三大海区，分别由天津、上海、广州航道局负责管理。
截至目前，我国沿海航标实行统一管理、分级负责的管理原则，构成了由交通部海事局，天津、上海、广东、海南海事局，18个航标处组成的三级海事航标管理体制。航标站是航标处的派出值班单位，按规定的范围，负责航标的维护保养工作。
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