航标应急反应是中国海事局保障沿海水域的通航安全、服务社会的一项重要内容。2004年，为确保航标故障能够及时恢复、应急标志能够及时设置、应急任务能够及时完成、信息能够及时传递并处理，提高全国海区航标应急反应能力，中国海事局制定并发布了《海区航标应急反应管理办法》。根据该管理办法，中国海事局有关部门认真履行航标应急反应职责、积极参与海上抢险救助、不断加强航标工作船舶和溢油处理设备的配置，并在具体实施《海区航标应急反应管理办法》的过程中，积极完善航标应急反应机制和应急预案，大幅提高了应急反应能力。

2004年11月11日，“天华6号”轮沉没于黄骅港0号标北侧约5海里水域，中国海事局立即启动航标应急反应预案，在迅速制定应急标设置方案后，及时完成了孤立危险物灯浮标的抛设任务，并按规定发布了航行警告；同年11月16日，“辽海”客货滚装船在大连港附近水域起火，中国海事局得知情况后，立即启动航标应急反应预案，派出“海标0504”和“海标0505”轮前往出事海域，按照搜救指挥部的要求，在事发水域附近搜寻落水人员，圆满完成了搜救任务；12月7日，外伶仃水域发生船舶碰撞溢油事故，中国海事局立即派出“海标32”及“海特15”轮赶赴现场进行清油作业，并顺利完成了清污任务，确保了该海域的清洁。

2006年8月，第8号超强台风“桑美”使沿海沙埕港及三都澳航标严重受损，中国海事局紧急调派“海标1021”轮协助抢修受损航标。不顾恶劣的天气状况，“海标1021”轮圆满完成既定任务，有力地支持了地方灾后重建工作。

2007年12月7日，在韩国忠清南道泰安郡大山港外，中国香港籍“HEBER SPIRIT”号油轮被韩国一艘名为“SAMSUNG1”的失控浮吊船擦碰，导致大量原油泄漏，至少15平方公里的海域受到污染。韩国官员称“这是韩国历史上发生的最严重的原油泄露事故，可能给韩国海域造成一场生态灾难”。根据《西北太平洋区域溢油应急计划》，应韩国政府请求，中国海事局派大型航标船“海标24”轮前往韩国援助溢油清污。“海标24”轮圆满完成既定任务后顺利返航，韩国海洋警察厅与联合国环境署对此次跨国清污行动表示感谢。